少年三国志以三国时期为背景，构建了一个充满奇幻色彩的世界观。游戏中的角色并非传统历史形象，而是被重新塑造成十六七岁的少年模样，通过少年视角展现三国时期的烽火连天。故事围绕一位身负帝王命格的少年展开，他师从左慈，肩负匡扶汉室的使命，与刘关张等英雄相遇，共同对抗乱世豪强。这种设定既保留了三国历史的核心脉络，又融入了仙侠元素，形成独特的少年热血叙事风格。
游戏主线剧情从灵帝时期开始，仙师左慈预言天下大势，合久必分、分久必合，并将传国玉玺交给灵帝幼子。此后少年隐居渭水仙境，因目睹人间疾苦而决心入世。在陇西与刘关张三人联手对抗董卓的情节中，玩家能感受到角色间的羁绊与成长。剧情通过章节式推进，每一章均对应经典三国事件，如黄巾之乱、董卓专权等，但加入了少年主角的干预，使历史走向更具戏剧性。
世界观设定上，少年三国志弱化了传统三国的权谋阴暗面，强调少年意气与合击羁绊。例如武将技能设计以华丽的合体大招为主，战斗特效突出连击快感，契合生命中最辉煌灿烂的一面这一主题。游戏中的势力划分仍遵循魏蜀吴群雄体系，但武将关系通过缘分系统重新诠释，如貂蝉与吕布的剧情被改编为共同对抗宿命的伙伴，而非单纯的权色交易。
例如董卓围攻刘关张时，少年主角以仙法解围的桥段，既保留了三国演义中三英战吕布的框架，又通过仙侠设定增强视觉冲击力。后续剧情如王允离间计、赤壁之战等也采用类似手法，在历史事件中插入少年主角的参与，形成半架空叙事。这种设计让熟悉三国的玩家能迅速理解背景，同时为战斗玩法提供合理逻辑支撑。
少年三国志的背景是历史与幻想的结合体，通过少年化角色和仙侠元素降低三国题材的厚重感，更适合追求轻松体验的玩家。其剧情虽对史实有改编，但核心脉络清晰，关键人物性格鲜明，为卡牌收集与阵容搭配提供了丰富的故事基础。理解这一背景有助于玩家更深入地体验武将培养、势力对抗等玩法设计初衷。
