二周目的迷失岛2首先在核心收集目标上就与一周目拉开了差异，新流程的关键是寻找六块神秘三角块。游戏开局不久，在通往灯塔的桥上就能发现第一块，这直接明示了旅途的转向。后续的搜寻过程会引导你踏遍工厂的章鱼怪附近、标注5的区域，船舱内部以及火箭二楼的数独箱，这些新增的收集品将你重新引向神庙二楼那扇在一周目未曾出现的、带有六个三角形凹槽的大门。整个探索的驱动力由此刷新，你需要依据灯塔二楼更新的纸条提示，按特定顺序排列这些三角块来解锁全新的密室空间，这是二周目基础玩法的结构性改变。
新增的谜题与互动场景构成了二周目玩法的另一大支柱。工厂区域会多出一个需要解谜的铁箱子，其核心机制是将从金字塔门口获得的红色怪眼球放置其中以激活一圈眼睛图案。破解密码的关键则藏在刚开启的神庙密室壁画上，你需要观察壁画中章鱼触手上睁开的眼睛是哪几只，相应地去点亮铁箱上的眼睛才能获得关键道具铁锥。金字塔门口不仅会出现需要用华容道思路推动红色方块来开启的密室，其走廊上还会有绿色的虫子可被点击，最终能查看游戏的感谢名单，这份名单本身也蕴含了破解其他谜题的抽象线索。
二周目的解谜逻辑更加强调线索的跨场景深度关联与抽象推断。在进入神庙密室后，你会发现墙上的左右壁画和齿轮状密码锁。密码的答案并非直接给出，而是需要你前往岛屿上的古老石碑，将壁画中的神秘符号与石碑上图案外圈的短线数量一一对应，从而推理出49180375这组数字。将这个密码输入神庙密室的机关后，才能放置铁锥，与出现的NPC对话。而NPC给出的下一组密码4325，又需要你前往金字塔密室，根据室内钢管的长短组合来破解，最终打开时空裂缝。整个过程环环相扣，解谜的链条更长，对玩家观察、记录和推理能力的要求显著提高。
完成主线进程后，二周目依然预留了值得探索的隐藏内容，增添了额外的玩法层次。在火箭升空、字幕滚动结束后，耐心的等待可能触发特殊的隐藏剧情。你还可以回到游戏世界，去解决一周目遗留的谜题，例如拾取海边的漂流瓶获取其中数字，这组数字能作为神庙密室密码的另一种解法。前往灯塔二楼打开红色箱子取得船票，并将其投递到一楼的邮箱，这类独立的收藏与互动成就也丰富了通关后的体验。这些设计鼓励玩家在知晓真相后，仍能以更细致的视角重新审视小岛的每一个角落，发掘之前忽略的细节联系。
