舰船的选择直接影响战斗效率和资源投入回报率。康斯但丁大帝级综合战列巡洋舰因其卓越的输出能力和中排定位成为顶级选择，配备脉冲炮塔和重型能量导弹后能对敌方造成毁灭性打击，尽管获取和升级成本较高，但仍是后期舰队核心。太阳鲸武装战略航空母舰凭借强大的属性和载机能力成为母舰首选，尤其在需要持续火力支援的战场环境中表现突出。
巡洋舰中，卡利斯托级以其重型鱼雷系统闻名，能对敌方重型目标造成极高伤害，但防御能力较弱需搭配护卫舰保护。猎兵级重型舰载机巡洋舰虽自身火力不足，但仅需18指挥值即可搭载4艘护航艇，性价比极高，适合早期至中期过渡。奇美拉级重型巡洋舰拥有巡洋舰中最高的基础属性和前三的输出能力，而艾奥级攻坚离子炮巡洋舰作为少有的能量武器舰船，输出略高于奇美拉且强化空间大，免费获取的特性使其成为平民玩家的优选。
驱逐舰方面，斗牛级脉冲炮驱逐舰凭借能量武器和16%闪避率成为前排灵活单位，兼顾输出与生存能力。苔原级和卫士级支援驱逐舰作为后勤核心，分别侧重维修量和辅助输出，是舰队续航的保障。红宝石级护卫舰凭借离子炮无视护甲的特性，能有效克制装甲型舰船，而澄海级导弹护卫舰则因均衡的防空与对舰能力成为中前期通用选择。
特殊功能舰船中，卡利莱恩特种型凭借高闪避率承担前排伤害，适合夹击战术；ST59超主力舰因低建造成本和快速投产成为平民替代方案，尤其在联盟大规模作战中表现亮眼。蜂巢守卫者护航艇和静海级脉冲护卫舰分别凭借对舰爆发与区域防空能力，在特定战术体系中不可或缺。
舰船搭配需综合考虑火力、防御、支援与指挥值分配，没有绝对的最强组合。合理利用舰船特性与战场环境，才能最大化舰队效能。能量武器与导弹系统的平衡、前排生存与后排输出的协调，均是构建高效舰队的关键因素。
